Груша новосибирск 2019: Конференция Груша 2019 в г. Новосибирск 16.11.2019 00:00 | All-events

Новости | Флоренс — питомник растений Новосибирск

График работы в праздничные дни!

Автор: Питомник Флоренс / 7 мая 2021

В период «длинных выходных» наша торговая площадка работает в обычном режиме: с 9 до 18, без выходных

Читать далее

Новинка в нашем ассортименте — КАШТАН

Автор: Питомник Флоренс / 10 июля 2019

Уважаемые покупатели! Многие из вас следят за новинками в нашем ассортименте. Предлагаем вашему вниманию Каштан. Выращен из плодов, прошел испытание нашей Сибирской зимой. Все растения отлично перезимовали в контейнерах без укрытия. Растет ОЧЕНЬ быстро. Обратите внимание: плоды именно этого вида НЕ съедобны.

Читать далее

Предложение для оптовых покупателей

Автор: Питомник Флоренс / 13 июня 2019

Наш питомник предлагает землянику садовую («Викторию») в достаточном количестве, в широком ассортименте для оптовых покупателей. Саженцы здоровые, с хорошо развитой корневой системой, объем контейнера 0,5 л.   Оптовые цены действуют при количестве от 100 штук. Цену можно уточнить по телефону +7 913 371 4676

Читать далее

Новый ассортимент роз

Автор: Питомник Флоренс / 13 мая 2019

Уважаемые покупатели! У нас практически полностью обновился ассортимент роз. Даже при наличии достаточно большой коллекции, многим из вас хотелось бы ее пополнить чем-то новым. Сейчас самое время. За лето розовые кусты хорошо укоренятся, наберут достаточную массу и подготовятся к зиме. Если Вы начинающий «розовод» и не знаете с чего начать или по какой-то причине «отношения» […]

Читать далее

Пополнение ассортимента плодово-ягодных культур

Автор: Питомник Флоренс / 26 апреля 2019

Уважаемые покупатели! Ассортимент плодово-ягодных культур нашего питомника пополнился новыми сортами: Яблоня: Брат Чудного, Воспитанница, Дочь Папировки, Соловьевское Груша: Внучка, Куюмская, Оленёк, Серега, Чижовская Слива: Вика, Незнакомка, Памяти Путова, Тимошка, Узюк Жимолость: Бакчарская юбилейная, Исаевская, Лавина, Нюрсинка, Синий утес, Стрежевчанка Черная смородина: Баритон, Журавушка, Ранняя Потапенко, Садко, Черный аист.

Полностью обновился ассортимент красной смородины. Подробное описание […]

Читать далее

Предложение для оптовых покупателей

Автор: Питомник Флоренс / 16 августа 2018

Уважаемые покупатели! Предлагаем Вашему вниманию посадочный материал отличного качества, собственного производства по оптовым ценам. Все растения в контейнерах, сорта плодово-ягодных культур соответствуют заявленным.  С перечнем можно ознакомиться здесь, на сайте, выбрав интересующую группу. Прививки (зимние черенком) яблони, груши, сливы, мы осуществляем самостоятельно. В наличии также большой выбор сортов земляники садовой («Виктории»). Саженцы имеют мощную корневую […]

Читать далее

Обновление ассортимента земляники

Автор: Питомник Флоренс / 28 мая 2018

Уважаемые покупатели! На сайте обновлен список сортов земляники садовой. В наличии также ремонтантные сорта. Для удобства просмотра они размещены в отдельной подгруппе группы каталога «Земляника».  Распечатки таблиц с сортами имеются в магазине. В случае необходимости, Вы можете на месте получить дополнительную консультацию специалиста. Всегда рады встрече!  

Читать далее

Розы — это всегда красиво

Автор: Питомник Флоренс / 4 мая 2018

Наши покупатели часто спрашивают о многолетних цветах, которые будут цвести всё лето. В нашем регионе это гортензии и розы. И если гортензия зацветает в июле, то розы цветут с конца мая до поздней осени (сколько позволит погода). Мы предлагаем широкий выбор сортов чайно-гибридных роз. В ассортименте присутствуют также парковые розы, розы флорибунда, спреи. Цена куста […]

Читать далее

Абрикос, груша, слива

Автор: Питомник Флоренс / 23 мая 2017

Уважаемые покупатели! Обновлен и пополнен ассортимент сортов абрикоса, груш и слив. Сейчас они есть в продаже. Это двухлетние саженцы с закрытой корневой системой (в контейнере), высотой 80-120 см, по цене 600 руб/шт. Все представленные сорта районированы по Западной Сибири и подходят для выращивания в нашем регионе. Напоминаем, что данные плодовые деревья обладают низкой самоплодностью или отсутствием таковой. Поэтому, […]

Читать далее

О заполнении сайта

Автор: Питомник Флоренс / 7 февраля 2017

Уважаемые посетители! Сайт находится в процессе заполнения. На данный момент информация по ассортименту растений представлена полностью в разделах «Деревья и Кустарники», «Розы», «Хвойные растения», «Многолетники». Идет наполнение рубрики «Плодово-ягодные». Все растения, представленные в каталоге, будут на торговой площадке (по некоторым позициям в прайсе будет отдельно обозначено время их выхода их в продажу). Ориентировочное начало торговли – […]

Читать далее

Сорт груши Матушка

Сорт груши Матушка

УДК: 634.13:631.52

Кокорева В. М. канд. с.-х. наук., науч. сотр., ФГБНУ «Научно-исследовательский институт садоводства Сибири им. М. А. Лисавенко», г. Барнаул, е-mail: valkokoreva@yandex. ru

Ключевые слова: груша, новый сорт, зимостойкость, урожайность, вкус плодов

В научно-исследовательском институте садоводства Сибири им. М. А. Лисавенко выведен новый сорт груши Матушка. Авторы: Пучкин И. А., Кокорева В. М., Гарапов Д. С., Митковская В. П., Алексеева Г. П. Плоды раннеосеннего срока созревания средней массой 81 г, зеленовато-желтые, кисло-сладкого вкуса. В плодах содержится 13,54 % сухих растворимых веществ, 9,94 — сахаров, 0,80 % кислот, 4,40 мг/100 г витамина С. Съемная зрелость плодов наступает в середине августа. В плодоношение вступает на 4–5-й год после посадки в сад. Средняя урожайность — 7,1 т/га. Сорт устойчив к распространенным в Сибири болезням и вредителям.

Литература:

1. Государственный реестр селекционных достижений, допущенных к использованию. — М., 2007. — Т. 1. — 272 с.

2. Пучкин И. А. Совершенствование сортимента груши на Алтае // Научные основы садоводства Сибири: сб. науч. тр. — Новосибирск, 1996. — С. 18–24.

3. Программа и методика селекции плодовых, ягодных и орехоплодных культур. — Орел, 1995. — 502 с.

4. Программа и методика сортоизучения плодовых, ягодных и орехоплодных культур. — Орел, 1999. — 606 с.

В Сибири трудно создать сорта груши, сочетающие высокую зимостойкость и урожайность с хорошим качеством плодов [1].

В Новосибирской, Кемеровской, Омской областях, в Красноярском крае и в северных районах Алтайского края выращиваются в основном сорта Сибирячка, Куюмская и Тема. Они высокозимостойкие и урожайные, но из-за плохого качества плодов пригодны только для переработки. Поэтому было необходимо для этих регионов создать сорт, который может быть пригоден не только для переработки, но и для потребления в свежем виде.

В связи с этим целью работы является создание сортов, сочетающих высокую зимостойкость, регулярную и высокую урожайность, хороший вкус и длительную лежкость плодов, пригодных для потребления в свежем виде и для переработки.

В связи с этим целью работы является создание сортов, сочетающих высокую зимостойкость, регулярную и высокую урожайность, хороший вкус и длительную лежкость плодов, пригодных для потребления в свежем виде и для переработки.

Объекты, методика и условия проведения исследований. Объекты исследования: 7 гибридов 0-69-925 (P. ussuriensis х сорта P. communis) в селекционной школке, 7 растений в селекционном саду и 7 в саду конкурсного испытания 2002 г. посадки.

Все полевые наблюдения вели согласно методикам ВНИИС им. И. В. Мичурина [2], а также по «Программе и методике селекции плодовых, ягодных и орехоплодных культур» [3].

Исследования по селекции и сортоизучению груши проводятся в насаждениях загородного отделения производственного подразделения НИИСС, земли которого расположены на высоком левом берегу р. Оби, хорошо обеспечены воздушным дренажом. Почвы — выщелоченный среднемощный среднесуглинистый чернозем с глубиной пахотного горизонта 30–42 см, подпочва — осадочные среднетяжелые глины.

Семена высевали осенью в открытый грунт по схеме 3х20 см. Отбор сеянцев проводили осенью после двух лет их выращивания по признакам зимостойкости, культурности, устойчивости к грибным заболеваниям.

На участках за лето проводили три междурядные обработки, в рядах — двукратная прополка.

Для Цитирования:

Кокорева В. М., Сорт груши Матушка. Главный агроном. 2019;1.

Полная версия статьи доступна подписчикам журнала

Для Цитирования:

Кокорева В. М., Сорт груши Матушка. Главный агроном. 2019;1.

ФИО

Ваш e-mail

Ваш телефон

Нажимая кнопку «Получить доступ» вы даёте своё согласие обработку своих персональных данных

Ваше имя

Ваша фамилия

Ваш e-mail

Ваш телефон

Придумайте пароль

Пароль еще раз

Запомнить меня

Информируйте меня обо всех новостях и спецпредложениях по почте

На указанный Вами номер телефона был отправлен код подтверждения.
Повторно запросить код можно будет через секунд.

Код подтверждения

На указанный Вами номер телефона был отправлен код подтверждения.
Повторно запросить код можно будет через секунд.

Код подтверждения

На указанный Вами номер телефона был отправлен код подтверждения.
Повторно запросить код можно будет через секунд.

Код подтверждения

Логин

Пароль

Ваше имя:

Ваш e-mail:

Ваш телефон:

Сообщение:

На сайте используется защита от спама reCAPTCHA и применяются Условия использования и Конфиденциальность Google

Использовать это устройство?

Одновременно использовать один аккаунт разрешено только с одного устройства.

На указанный Вами номер телефона был отправлен код подтверждения.
Повторно запросить код можно будет через секунд.

Код подтверждения

×

Мы перевели вас на Русскую версию сайта
You have been redirected to the Russian version

Мы используем куки

Выделение и характеристика нового Klebsiella pneumoniae N4-подобного бактериофага KP8

1. Vading M., Nauclér P., Kalin M., Giske C.G. Инвазивная инфекция, вызванная Klebsiella pneumoniae , представляет собой заболевание, поражающее пациентов с высокой сопутствующей патологией и связанное с высокой долгосрочной смертностью. ПЛОС ОДИН. 2018; 13:1–13. doi: 10.1371/journal.pone.0195258. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Капсульный серотип К1 или К2, а не magA и rmpA, является основной детерминантой вирулентности для Klebsiella pneumoniae абсцесс печени в Сингапуре и Тайване. Дж. Клин. микробиол. 2007; 45: 466–471. doi: 10.1128/JCM.01150-06. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Генетический анализ кластеров генов синтеза капсульных полисахаридов у 79 капсульных типов Klebsiella spp. науч. Отчет 2015; 5: 1–10. doi: 10.1038/srep15573. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Салерно А., Делетуаль А., Лефевр М., Сизнар И., Кровачек К., Гримон П., Брис С. Рекомбинирующая структура популяции Plesiomonas shigelloides ( Enterobacteriaceae ), выявленная с помощью многолокусного типирования последовательности. Дж. Бактериол. 2007; 189:7808–7818. doi: 10.1128/JB.00796-07. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Brisse S., Passet V., Haugaard A.B., Babosan A., Kassis-Chikhani N., Struve C., Decré D. wzi секвенирование генов, экспресс-метод определения типа капсулы для Штамм клебсиеллы . Дж. Клин. микробиол. 2013;51:4073–4078. doi: 10.1128/JCM.01924-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Муноз-Прайс Л.С., Пуарель Л., Бономо Р.А., Швабер М.Дж., Дайкос Г.Л., Кормикан М., Корналия Г., Гарау Дж., Гнядковски М., Хайден М.К. и соавт. Клиническая эпидемиология глобальной экспансии карбапенемаз Klebsiella pneumoniae . Ланцет Инфекция. Дис. 2013; 13: 785–796. doi: 10.1016/S1473-3099(13)70190-7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Wei J., Wenjie Y., Ping L., Na W., Haixia R., Xuequn Z. Устойчивость к антибиотикам Klebsiella pneumoniae через сигнальный путь β-лактамазы, индуцированный набором β-аррестина. Эксп. тер. Мед. 2018;15:2247–2254. doi: 10.3892/etm.2018.5728. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Pitout J.D., Nordmann C., Poirel L. Carbapenemase-Production Klebsiella pneumoniae , набор ключевых патогенов для глобального внутрибольничного доминирования. Антимикроб. Агенты Чемотер. 2015;59: 5873–5884. doi: 10.1128/AAC.01019-15. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Anderson D.J., Moehring R.W., Sloane R., Schmader K.E., Weber D.J., Fowler VG, Jr., Smathers E., Sexton D.J. Инфекции кровотока в общественных больницах в 21 веке: многоцентровое когортное исследование. ПЛОС ОДИН. 2014; 9:1–10. doi: 10.1371/journal.pone.0091713. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Иределл Дж., Браун Дж., Тагг К. Устойчивость к антибиотикам в Enterobacteriaceae : Механизмы и клинические последствия. БМЖ. 2016; 352:1–19. doi: 10.1136/bmj.h6420. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Тамура К., Стечер Г., Петерсон Д., Филипски А., Кумар С. MEGA 6: Молекулярно-эволюционный генетический анализ, версия 6.0. Мол. биол. Эвол. 2013;30:2725–2729. doi: 10.1093/molbev/mst197. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Морозова В., Козлова Ю., Шедко Е., Курильщиков А., Бабкин И., Тупикин А. , Юнусова А., Черноносов А. , Байков И., Кондратов И. Литический бактериофаг PM16, специфичный для Proteus mirabilis : новый представитель рода phiKMVvirus . Арка Вирол. 2016;161:2457–2472. doi: 10.1007/s00705-016-2944-2. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Sambrook J., Russell D.W. Молекулярное клонирование: лабораторное руководство. 3-е изд. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор; Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк, США: 2001. стр. 187–303. [Google Scholar]

14. Кропински А.М., Маццокко А., Уодделл Т.Е., Лингор Э., Джонсон Р.П. Подсчет бактериофагов с помощью анализа двойного агарового налета. В: Clokie MRJ, Kropinski AM, редакторы. Бактериофаги: методы и протоколы. Хумана Пресс; Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: 2009 г.. стр. 69–76. [PubMed] [Google Scholar]

15. Паюнен М., Кильюнен С., Скурник М. Бактериофаг phiYeO3-12, специфичный для Yersinia enterocolitica серотипа О:3, родственен колифагам Т3 и Т7. Дж. Бактериол. 2000;182:5114–5120. doi: 10.1128/JB.182.18.5114-5120.2000. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Heo Y.J., Lee Y.R., Jung H.H., Lee J., Ko G., Cho Y.H. Антибактериальная эффективность фагов против Pseudomonas aeruginosa инфекций у мышей и Дрозофила меланогастер . Противомикробные агенты Chemother. 2009;53:2469–2474. doi: 10.1128/AAC.01646-08. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Каттер Э. Диапазон фаговых хозяев и эффективность посева. В: Clokie MRJ, Kropinski AM, редакторы. Бактериофаги: методы и протоколы. Хумана Пресс; Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: 2009. стр. 141–149. [Google Scholar]

18. O’Flaherty S., Coffey A., Edwards R., Meaney W., Fitzgerald G.F., Ross R.P. Геном стафилококкового фага K: новая линия Myoviridae , заражающие грамположительные бактерии с низким содержанием GC. Дж. Бактериол. 2004; 186: 2862–2871. doi: 10.1128/JB.186.9.2862-2871.2004. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Азиз Р.К., Бартельс Д., Бест А.А., ДеДжонг М., Диз Т., Эдвардс Р.А., Формсма К., Гердес С., Гласс Э.М. , Кубал М. и др. Сервер RAST: быстрые аннотации с использованием технологии подсистем. Геномика BMC. 2008; 9:75. дои: 10.1186/1471-2164-9-75. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Jones P., Binns D., Chang H.-Y., Fraser M., Li W., McAnulla C., McWilliam H., Maslen J., Mitchell A., Nuka G., et al. InterProScan 5: классификация функций белков в масштабе генома. Биоинформатика. 2014;30:1236–1240. doi: 10.1093/биоинформатика/btu031. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Remmert M., Biegert A., Hauser A., ​​Söding J. HHblits: молниеносный итеративный поиск последовательности белка путем выравнивания HMM-HMM. Нац. Методы. 2011;9:173–175. doi: 10.1038/nmeth.1818. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

22. Лоу Т.М., Чан П.П. tRNAscan-SE On-line: интеграция поиска и контекста для анализа генов транспортной РНК. Нуклеиновые Кислоты Res. 2012;44:54–57. doi: 10.1093/nar/gkw413. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Laslett D., Canback B. ARAGORN, программа для обнаружения генов тРНК и генов тмРНК в нуклеотидных последовательностях. Нуклеиновые Кислоты Res. 2004; 32:11–16. doi: 10.1093/nar/gkh252. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Käll L., Krogh A., Sonnhammer E.L. Преимущества комбинированной трансмембранной топологии и прогнозирования сигнальных пептидов — веб-сервер Phobius. Нуклеиновые Кислоты Res. 2007;35:W429–W432. doi: 10.1093/nar/gkm256. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Haynes L.L., Rothman-Denes L.B. Сайты инициации транскрипции РНК-полимеразы вириона N4. Клетка. 1985; 41: 597–605. doi: 10.1016/S0092-8674(85)80032-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Лу Г., Морияма Э.Н. Vector NTI, сбалансированный комплексный пакет для анализа последовательностей. Краткий. Биоинформ. 2004; 5: 378–388. doi: 10.1093/наг/5.4.378. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Дарлинг А.С., Мау Б., Блаттнер Ф.Р., Перна Н.Т. Розовато-лиловый: множественное выравнивание консервативной геномной последовательности с перестройками. Геном Res. 2004;14:1394–1403. doi: 10.1101/gr.2289704. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Филлипс Дж.Л., Гнанакаран С. BioEdit: важное программное обеспечение для молекулярной биологии. Белки Структура Функц. Биоинформ. 2015;83:46–65. doi: 10.1002/прот.24632. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Шевченко А., Дженсен О.Н., Подтележников А.В., Саглиокко Ф., Вильм М., Ворм О., Мортенсен П., Шевченко А., Бушери Х., Манн М. , Связывание генома и протеома с помощью масс-спектрометрии: крупномасштабная идентификация дрожжевых белков из двумерных гелей. проц. Натл. акад. науч. США. 1996;93:14440–14445. doi: 10.1073/pnas.93.25.14440. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Niedermeyer THJ, Strohalm M. mMass как программный инструмент для аннотации тандемных масс-спектров циклических пептидов. ПЛОС ОДИН. 2012;7:e44913. doi: 10.1371/journal.pone.0044913. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Ackermann H.W. Фаговая классификация и характеристика. В: Clokie MRJ, Kropinski AM, редакторы. Бактериофаги: методы и протоколы. Хумана Пресс; Нью-Йорк, штат Нью-Йорк, США: 2009 г.. стр. 127–140. [CrossRef] [Google Scholar]

32. Pan Y., Lin T., Lin Y., Su P., Chen C., Hsieh P., Hsu C., Chen C., Hsieh Y., Wang J. Идентификация типов капсул у устойчивых к карбапенемам штаммов Klebsiella pneumoniae с помощью секвенирования wzc и последствий для лечения капсульной деполимеразой. Антимикроб. Агенты Чемотер. 2015;59:1038–1047. doi: 10.1128/AAC.03560-14. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Ohmori H., Haynes L.L., Rothman-Denes L.B. Структура концов генома колифага N4. Дж. Мол. биол. 1988;202:1–10. doi: 10. 1016/0022-2836(88)90512-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Куликов Е., Кропинский А.М., Голомидова А., Лингор Е., Говорун В., Серебрякова М., Прохоров Н., Летарова М., Маныкин А., Строцкая А. и др. Выделение и характеристика нового местного кишечного колифага vB_EcoP_G7C, связанного с N4. Вирусология. 2012; 426:93–99. doi: 10.1016/j.virol.2012.01.027. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Нхо С.В., Ха М.А., Ким К.С., Ким Т.Х., Джанг Х.Б., Ча И.С., Пак С.Б., Ким Ю.К., Юнг Т.С. Полная последовательность генома бактериофагов ECBP1 и ECBP2, выделенных из двух разных штамм Escherichia coli . Дж. Вирол. 2012;86:12439–12440. doi: 10.1128/ОВИ.02141-12. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Gan H.M., Sieo C.C., Tang S.G., Omar A.R., Ho Y.W. Полная последовательность генома EC1-UPM, нового N4-подобного бактериофага, инфицирующего Escherichia coli O78:K80. Вирол. Дж. 2013; 10:308. doi: 10.1186/1743-422X-10-308. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Jun JW, Yun S.K., Kim HJ, Chai J.Y., Park S.C. Характеристика и полная последовательность генома нового N4-подобного бактериофага, инфицирующего pSb-1 Шигелла мальчика . Рез. микробиол. 2014; 165: 671–678. doi: 10.1016/j.resmic.2014.09.006. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Tsonos J., Oosterik L.H., Tuntufye H.N., Klumpp J., Butaye P., De Greve H., Hernalsteens J.P., Lavigne R., Goddeeris B.M. Коктейль из эффективных in vitro фагов не является гарантией терапевтических результатов in vivo против птичьего колибактериоза. Вет. микробиол. 2014; 171:470–479. doi: 10.1016/j.vetmic.2013.10.021. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

39. Fan H., Fan H., An X., Huang Y., Zhang Z., Mi Z., Tong Y. Полная последовательность генома IME11, нового N4-подобного бактериофага. Дж. Вирол. 2012;86:13861. doi: 10.1128/ОВИ.02684-12. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Wittmann J., Dreiseikelmann B., Rohde M., Meier-Kolthoff J.P., Bunk B. , Rohde C. Первые последовательности генома Achromobacter фаги выявляют новых членов семейства N4. Вирол Дж. 2014; 11:14. doi: 10.1186/1743-422X-11-14. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Park J., Lee G.M., Kim D., Park D.H., Oh C.S. Характеристика литического бактериофага phiEaP-8, эффективного против Erwinia amylovora и Erwinia pyrifoliae , вызывающих тяжелые заболевания яблони и груши. Завод. Патол. Дж. 2018; 34:445–450. doi: 10.5423/PPJ.NT.06.2018.0100. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Анкра Н.Ю., Будинофф Ч.Р., Уилсон В.Х., Вильгельм С.В., Бьюкен А. Последовательность генома Sulfitobacter сп. штамм 2047, заражающий литический фаг {Phi}CB2047-B. Объявление генома. 2014;2:e00945-13. doi: 10.1128/genomeA.00945-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Чан Дж. З., Миллард А. Д., Манн Н. Х., Шефер Х. Сравнительная геномика определяет основной геном растущего рода N4-подобных фагов и идентифицирует N4-подобные Специфические гены розофагов. Фронт. микробиол. 2014;5:506. doi: 10.3389/fmicb.2014.00506. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Чжао Ю., Ван К., Цзяо Н., Чен Ф. Геномные последовательности двух новых фагов, инфицирующих морские розеобактерии. Окружающая среда. микробиол. 2009 г.;11:2055–2064. doi: 10.1111/j.1462-2920.2009.01927.x. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. Морено Свитт А.И., Орси Р.Х., ден Баккер Х.К., Вонгкамьян К., Альтиер К., Видманн М. Геномная характеристика дает новое представление о Salmonella фаговое разнообразие. Геномика BMC. 2013;14:481. дои: 10.1186/1471-2164-14-481. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Ceyssens P.J., Brabban A., Rogge L., Lewis M.S., Pickard D., Goulding D., Dougan G., Noben J.P., Kropinski A. ., Куттер Э. и др. Молекулярно-физиологический анализ трех Pseudomonas aeruginosa фагов, принадлежащих к «N4-подобным вирусам» Вирусология. 2010; 405:26–30. doi: 10.1016/j.virol.2010.06.011. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Wittmann J., Klumpp J., Moreno Switt A.I., Yagubi A., Ackermann H.W., Wiedmann M., Svircev A., Nash J.H., Kropinski ЯВЛЯЮСЬ. Таксономическая переоценка N4-подобных вирусов с использованием сравнительной геномики и протеомики предполагает наличие нового подсемейства — « Enquartavirinae » Arch. Вирол. 2015;160:3053–3062. doi: 10.1007/s00705-015-2609-6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Новое понимание генома Opisthorchis felineus: обновление геномики эпидемиологически важных трематод

1. Choi BI, Han JK, Hong ST, Lee KH. Клонорхоз и холангиокарцинома: этиологическая связь и визуализирующая диагностика. Clin Microbiol Rev. 2004; 17:540–552. doi: 10.1128/cmr.17.3.540-552.2004. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Fried B, Reddy A, Mayer D. Гельминты в канцерогенезе человека. Рак Летт. 2011;305:239–249. doi: 10.1016/j.canlet. 2010.07.008. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Пахарукова М.Ю., Мордвинов В.А. Печеночная двуустка Opisthorchis felineus: биология, эпидемиология и канцерогенный потенциал. Trans R Soc Trop Med Hyg. 2016;110:28–36. doi: 10.1093/trstmh/trv085. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Keizer J, Utzinger J. Возникновение пищевого трематодоза. Эмердж Инфекция Дис. 2005; 11: 1507–1514. doi: 10.3201/eid1110.050614. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Продовольственная и сельскохозяйственная организация ООН/Всемирная организация здравоохранения ФАО/ВОЗ. Опубликован список «десятки» пищевых паразитов. 2014. http://www.fao.org/news/story/en/item/237323/icode/ По состоянию на 31 марта 2018 г.

6. Многокритериальное ранжирование для управления рисками пищевых паразитов. Серия оценок микробиологического риска 23. Штаб-квартира Продовольственной и сельскохозяйственной организации Объединенных Наций. 2014 г. http://www.waterpathogens. org/book/liver-flukes. По состоянию на 31 марта 2018 г.

7. Пиво С.А. Биология возбудителя описторхоза. Москва: ООО «Научная пресса КМК»; 2005. [Google Scholar]

8. Sithithaworn P, Yongvanit P, Duenngai K, Kiatsopit N, Pairojkul C. Роль трематоды печени как фактора риска холангиокарциномы. J Hepatobiliary Pancreat Sci. 2014;21:301–308. doi: 10.1002/jhbp.62. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Petney TN, Andrews RH, Saijuntha W, Wenz-Mücke A, Sithithaworn P. Зоонозные печеночные двуустки, переносимые рыбой Clonorchis sinensis , Opisthorchis felineus и Opisthorchis viverrini . Int J Паразитол. 2013;43:1031–1046. doi: 10.1016/j.ijpara.2013.07.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Lun ZR, Gasser RB, Lai DH, Li AX, Zhu XQ, Yu XB, et al. Клонорхоз: ключевой зооноз пищевого происхождения в Китае. Ланцет Infect Dis. 2005; 5:31–41. doi: 10.1016/s1473-3099(04)01252-6. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Брусенцов И. И., Катохин А.В., Брусенцова И.В., Шеховцов С.В., Боровиков С.Н., Гончаренко Г.Г., и соавт. Низкое генетическое разнообразие широко распространенной евразийской печеночной двуустки Opisthorchis felineus предполагает особую демографическую историю этого вида трематод. ПЛОС Один. 2013;8:e62453. doi: 10.1371/journal.pone.0062453. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Sun J, Huang Y, Huang H, Liang P, Wang X, Mao Q, et al. Низкая дивергенция Clonorchis sinensis в Китае на основе многолокусного анализа. ПЛОС Один. 2013;8(6):e67006. doi: 10.1371/journal.pone.0067006. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Лаопром Н., Сититаворн П., Эндрюс Р.Х., Андо К., Лаха Т., Клинбунга С. и соавт. Генетическая структуризация популяции Opisthorchis viverrini в различных пространственных масштабах в Таиланде и Лаосской Народно-Демократической Республике. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6:e1906. doi: 10.1371/journal. pntd.0001906. [Статья PMC free] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Задесенец К.С., Катохин А.В., Мордвинов В.А., Рубцов Н.Б. Сравнительная цитогенетика видов описторхид (Trematoda, Opisthorchiidae) Parasitol Int. 2012;61:87–89. doi: 10.1016/j.parint.2011.07.006. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Wang X, Chen W, Huang Y, Sun J, Men J, Liu H, et al. Проект генома канцерогенной двуустки печени человека Clonorchis sinensis . Геном биол. 2011;12:R107. doi: 10.1186/gb-2011-12-10-r107. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Young ND, Nagarajan N, Lin SJ, Korhonen PK, Jex AR, Hall RS, et al. Геном Opisthorchis viverrini дает представление о жизни в желчных протоках. Нац коммун. 2014;5:4378. doi: 10.1038/ncomms5378. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Huang Y, Chen W, Wang X, Liu H, Chen Y, Guo L, et al. Канцерогенная печеночная двуустка, Clonorchis sinensis : новая сборка, повторная аннотация и анализ генома и характеристика тканевых транскриптомов. ПЛОС Один. 2013;8:e54732. doi: 10.1371/journal.pone.0054732. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Помазной М.Ю., Логачева М.Д., Янг Н.Д., Пенин А.А., Ершов Н.И., Катохин А.В., и соавт. Полное профилирование транскриптома взрослых и инфекционных стадий трематоды Описторх кошачий . Паразитол Интерн. 2016;65:12–19. doi: 10.1016/j.parint.2015.09.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Cwiklinski K, Dalton JP, Dufresne PJ, La Course J, Williams DJ, Hodgkinson J, et al. Геном Fasciola hepatica : дупликация и полиморфизм генов свидетельствует об адаптации к среде хозяина и способности к быстрой эволюции. Геном биол. 2015;16:71. doi: 10.1186/s13059-015-0632-2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Chalopin D, Naville M, Plard F, Galiana D, Volff JN. Сравнительный анализ мобильных элементов подчеркивает разнообразие и эволюцию мобиломов у позвоночных. Геном Биол Эвол. 2015;7:567–580. doi: 10. 1093/gbe/evv005. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Soderlund C, Bomhoff M, Nelson W. SyMAP v3.4: готовая система синтении с приложением к геномам растений. Нуклеиновые Кислоты Res. 2011;39:e68. doi: 10.1093/nar/gkr123. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Аллен М.А., Хиллиер Л.В., Уотерстон Р.Х., Блюменталь Т. Глобальный анализ транс-сплайсинга C. elegans. Геном Res. 2011;21:255–264. doi: 10.1101/gr.113811.110. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R. Эволюционное понимание транс-сплайсинга РНК у позвоночных. Геном Биол Эвол. 2016; 8: 562–577. doi: 10.1093/gbe/evw025. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Protasio AV, Tsai IJ, Babbage A, Nichol S, Hunt M, Aslett MA, et al. Систематически улучшенный высококачественный геном и транскриптом кровяной двуустки человека Schistosoma mansoni . PLoS Negl Trop Dis. 2012;6:e1455. doi: 10.1371/journal.pntd.0001455. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Jones P, Binns D, Chang HY, Fraser M, Li W, McAnulla C, et al. InterProScan 5: классификация функций белков в масштабе генома. Биоинформатика. 2014;30:1236–1240. doi: 10.1093/биоинформатика/btu031. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Marchler-Bauer A, Bo Y, Han L, He J, Lanczycki CJ, Lu S, et al. CDD/SPARCLE: функциональная классификация белков с помощью архитектуры доменов подсемейства. Нуклеиновые Кислоты Res. 2017;45:D200–D203. дои: 10.1093/нар/gkw1129. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, Bougueleret L, Xenarios I. Новые и продолжающиеся разработки в PROSITE . Нуклеиновые Кислоты Res. 2013;41:D344–D347. doi: 10.1093/nar/gks1067. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Cuesta-Astroz Y, Oliveira FS, Nahum LA, Oliveira G. Секретомы гельминтов отражают разный образ жизни и паразитирующих хозяев. Int J Паразитол. 2017;47:529–544. doi: 10.1016/j.ijpara.2017.01.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Матоускова П., Вокржал И., Ламка Ю., Скалова Л. Роль ферментов, метаболизирующих ксенобиотики, в антигельминтной дезактивации и резистентности гельминтов. Тенденции Паразитол. 2016; 32: 481–491. doi: 10.1016/j.pt.2016.02.004. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Пахарукова М.Ю., Вавилин В.А., Срипа Б., Лаха Т., Бриндли П.Дж., Мордвинов В.А. Функциональный анализ уникального цитохрома Р450 печеночной двуустки Описторх кошачий . PLoS Negl Trop Dis. 2015;9:e0004258. doi: 10.1371/journal.pntd.0004258. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Ziniel PD, Karumudi B, Barnard AH, Fisher EM, Thatcher GR, Podust LM, et al. Цитохром P450 (CYP3050A1) Schistosoma mansoni необходим для выживания червей и развития яиц. PLoS Negl Trop Dis. 2015;9:e0004279. doi: 10.1371/journal.pntd.0004279. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Мордвинов В.А., Шилов А.Г., Пахарукова М.Ю. Антигельминтная активность ингибиторов цитохрома Р450 миконазола и клотримазола: действие in vitro на печеночную двуустку Opisthorchis felineus . Противомикробные агенты Int J. 2017; 507: 97–100. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2017.01.037. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Гувейя М.Дж., Пахарукова М.Ю., Лаха Т., Срипа Б., Максимова Г.А., Ринальди Г. и соавт. Инфекция Opisthorchis felineus индуцирует интраэпителиальную неоплазию желчевыводящих путей на модели грызунов. Канцерогенез. 2017;38:929–937. doi: 10.1093/carcin/bgx042. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Gouveia MJ, Santos J, Brindley PJ, Rinaldi G, Lopes C, Santos LL, et al. Эстрогеноподобные метаболиты и ДНК-аддукты при раке мочевого пузыря, ассоциированном с урогенитальным шистосомозом. Рак Летт. 2015; 359: 226–232. doi: 10.1016/j.canlet.2015.01.018. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Пахарукова М.Ю., Ершов Н.И., Воронцова Е.В., Катохин А.В., Меркулова Т.И., Мордвинов В.А. Цитохром Р450 у двуустки Opisthorchis felineus : идентификация и характеристика. Мол Биохим Паразитол. 2012; 181:190–194. doi: 10.1016/j.molbiopara.2011.11.005. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Laing R, Kikuchi T, Martinelli A, Tsai IJ, Beech RN, Redman E, et al. Геном и транскриптом Haemonchus contortus , ключевого модельного паразита для разработки лекарств и вакцин. Геном биол. 2013;14:R88. doi: 10.1186/gb-2013-14-8-r88. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Линдблом Т.Х., Додд А.К. Ксенобиотическая детоксикация у нематоды Caenorhabditis elegans. Джей Эксп Зоол. 2006; 305А: 720–729. doi: 10.1002/jez.a.324. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Saier MH, Jr, Reddy VS, Tamang DG, Västermark A. База данных классификации переносчиков. Нуклеиновые Кислоты Res. 2014;42:D251–D258. doi: 10.1093/nar/gkt1097. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Wong K, Ma J, Rothnie A, Biggin PC, Kerr ID. К пониманию неразборчивости в помпах оттока нескольких лекарств. Тенденции биохимических наук. 2014;39: 8–16. doi: 10.1016/j.tibs.2013.11.002. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Мордвинов В.А., Ершов Н.И., Пирожкова Д.С., Пахаруков Ю.В., Пахарукова М.Ю. Транспортеры ABC в печеночной двуустки Opisthorchis felineus . Мол Биохим Паразитол. 2017;216:60–68. doi: 10.1016/j.molbiopara.2017.07.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Пелоси Паоло, Чжу Цзяо, Нолл Вольфганг. Белки, связывающие запах, как чувствительные элементы для мониторинга запаха. Датчики. 2018;18(10):3248. дои: 10.3390/s18103248. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Smout MJ, Sotillo J, Laha T, Papatpremsiri A, Rinaldi G, Pimenta RN, et al. Канцерогенный паразит выделяет фактор роста, который ускоряет заживление ран и потенциально способствует неоплазии. PLoS Патог. 2015;11:e1005209. doi: 10.1371/journal.ppat.1005209. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Пила Е.А., Горди М.А., Филлипс В.К., Каборе А.Л., Рудько С.П., Ханингтон П.С. Эндогенный фактор роста, стимулирующий пролиферацию гемоцитов, вызывает устойчивость к заражению Schistosoma mansoni у хозяина-улитки. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:5305–5310. doi: 10.1073/pnas.1521239113. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Задесенец К.С., Карамышева Т.В., Катохин А.В., Мордвинов В.А., Рубцов Н.Б. Распределение повторяющихся последовательностей ДНК в хромосомах пяти видов описторхид (Trematoda, Opisthorchiidae) Parasitol Int. 2012;61:84–86. doi: 10.1016/j.parint.2011.06.027. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. Пахарукова М.Ю., Шилов А.Г., Пирожкова Д.С., Катохин А.В., Мордвинов В.А. Первое комплексное исследование эффектов празиквантела in vivo и in vitro европейский печеночный сосальщик Opisthorchis felineus (Trematoda) Int J Antimicrob Agents. 2015;46:94–100. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2015.02.012. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Мордвинов В.А., Фурман Д.П. Паразит Digenea Opisthorchis felineus : цель для открытия и разработки новых лекарств. Заразить мишени для наркотиков. 2010;10:385–401. doi: 10.2174/187152610793180858. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

47. Паланд С., Линч М. Переход к асексуальности приводит к избыточным аминокислотным заменам. Наука. 2006; 311:990–992. doi: 10.1126/science.1118152. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Petney TN, Andrews RH, Saijuntha W, Tesana S, Prasopdee S, Kiatsopit N, et al. Таксономия, экология и популяционная генетика Opisthorchis viverrini и его промежуточных хозяев. Ад Паразитол. 2018; 101:1–39. [PubMed]

49. Канг С., Султана Т., Локтев В.Б., Вонгратаначевин С., Сон В.М., Эом К.С. и соавт. Молекулярная идентификация и филогенетический анализ последовательностей ядерной рДНК трех видов описторхидных трематод (Opisthorchiidae: Trematoda) Parasitol Int. 2008;57:191–197. doi: 10.1016/j.parint.2007.12.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

50. Катохин А.В., Шеховцов С.В., Конков С., Юрлова Н.И., Сербина Е.А., Водяницкая С.Н. Оценка генетических отличий Opisthorchis felineus от O. viverrini и Clonorchis sinensis по последовательностям ITS2 и CO1. Докл. Биохим. Биофиз. 2008; 421: 214–217. doi: 10.1134/S1607672908040133. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

51. Saijuntha W, Sithithaworn P, Wongkham S, Laha T, Chilton NB, Petney TN, et al. Изменение последовательности митохондриальной ДНК среди географических изолятов Opisthorchis viverrini в Таиланде и Лаосской Народно-Демократической Республике, а также филогенетические отношения с другими трематодами. Паразитология. 2008;135(12):1479–1486. doi: 10.1017/S0031182008005015. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. Pitaksakulrat O, Webster BL, Webster JP, Laha T, Saijuntha W, Lamberton PH, et al. Филогенетические отношения внутри комплекса видов Opisthorchis viverrini со специфическим анализом O. viverrini sensu lato из Сакон Накхон, Таиланд, с помощью секвенирования митохондриальной и ядерной ДНК. Заразить Генет Эвол. 2018;62:86–94. doi: 10.1016/j.meegid.2018.04.022. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

53. Ван Д., Янг Н.Д., Келер А.В., Тан П., Сон В.М., Корхонен П.К., Гассер Р.Б. Сравнение митохондриального генома Clonorchis sinensis из Южной Кореи с другими изолятами этого вида. Заразить Генет Эвол. 2017;51:160–166. doi: 10.1016/j.meegid.2017.02.015. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

54. Liu GH, Gasser RB, Young ND, Song HQ, Ai L, Zhu XQ. Полные митохондриальные геномы «промежуточной формы» Fasciola и Fasciola gigantica и их сравнение с F. hepatica. Векторы паразитов. 2014;7(1):150. дои: 10.1186/1756-3305-7-150. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

55. Шеховцов С.В., Катохин А.В., Романов К.В., Беспрозванных В.В., Федоров К.П., Юрлова Н.И. Новый ядерный маркер pm-int9 для филогенетических исследований Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini и Clonorchis sinensis (Opisthorchiidae, Trematoda) Parasitol Res. 2009; 106: 293–297. doi: 10.1007/s00436-009-1628-1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

56. Cai XQ, Liu GH, Song HQ, Wu CY, Zou FC, Yan HK и др. Последовательности и генная организация митохондриальных геномов печеночных двуусток Opisthorchis viverrini и Clonorchis sinensis (Trematoda) Parasitol Res. 2012;110(1):235–243. doi: 10.1007/s00436-011-2477-2. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

57. Ю Дж., Ян З., Кибукава М., Пэддок М., Пасси Д.А., Вонг Г.К. Минимальные интроны не являются «мусором». Геном Res. 2002; 12:1185–1189. doi: 10.1101/gr.207102. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Бондаренко В.С., Гельфанд М.С. Эволюция экзон-интронной структуры геномов инфузорий. ПЛОС Один. 2016;11:e0161476. doi: 10.1371/journal.pone.0161476. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

59. Tsai IJ, Zarowiecki M, Holroyd N, Garciarrubio A, Sánchez-Flores A, Brooks KL, et al. Геномы четырех видов ленточных червей обнаруживают приспособления к паразитизму. Природа. 2013;496: 57–63. doi: 10.1038/nature12031. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

60. Hahn C, Fromm B, Bachmann L. Сравнительная геномика плоских червей (Platyhelminthes) выявляет общие геномные особенности экто- и эндопаразитических неодерматозов. Геном Биол Эвол. 2014;6:1105–1117. doi: 10.1093/gbe/evu078. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

61. Максимова Г.А., Пахарукова М.Ю., Кашина Е.В., Жукова Н.А., Ковнер А.В., Львова М.Н., и соавт. Эффект Opisthorchis felineus 9Инфекция 0004 и введение диметилнитрозамина в индукции холангиокарциномы у сирийских хомяков. Паразитол Интерн. 2017; 66: 458–463. doi: 10.1016/j.parint.2015.10.002. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

62. WormBase ParaSite. Выпуск WBPS6. https://parasite.wormbase.org/index.html. По состоянию на 31 марта 2016 г.

63. Howe KL, Bolt BJ, Shafie M, Kersey P, Berriman M. WormBase ParaSite — всеобъемлющий ресурс по геномике гельминтов. Мол Биохим Паразитол. 2017; 215:2–10. doi: 10.1016/j.molbiopara.2016.11.005. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

64. Berriman M, Haas BJ, LoVerde PT, Wilson RA, Dillon GP, ​​Cerqueira GC, et al. Геном кровяной двуустки Schistosoma mansoni . Природа. 2009; 460:352–358. doi: 10.1038/nature08160. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

65. Wasik K, Gurtowski J, Zhou X, Ramos OM, Delás MJ, Battistoni G, et al. Геном и транскриптом способного к регенерации плоского червя, Macrostomum lignano . Proc Natl Acad Sci U S A. 2015;112:12462–12467. doi: 10.1073/pnas.1516718112. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

66. Мартин М. Cutadapt удаляет последовательности адаптеров из считываний высокопроизводительного секвенирования. EMBnet J. 2011; 17:10–12. doi: 10.14806/ej.17.1.200. [CrossRef] [Google Scholar]

67. Чжан Дж., Коберт К., Флоури Т., Стаматакис А. ГРУША: быстрый и точный метод Illumina для парного чтения R. Биоинформатика. 2014;30:614–620. doi: 10.1093/биоинформатика/btt593. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

68. Gnerre S, Maccallum I, Przybylski D, Ribeiro FJ, Burton JN, Walker BJ, et al. Высококачественные черновые сборки геномов млекопитающих на основе массивно параллельных данных о последовательностях. Proc Natl Acad Sci U S A. 2011;108:1513–1518. doi: 10.1073/pnas.1017351108. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

69. Салин К., Вецци Ф., Нистедт Б., Лундеберг Дж., Арвестад Л. BESST-эффективное возведение больших фрагментированных сборок. Биоинформатика BMC. 2014;15:281. дои: 10.1186/1471-2105-15-281. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

70. Li R, Fan W, Tian G, Zhu H, He L, Cai J, et al. Последовательность и сборка de novo генома гигантской панды. Природа. 2010; 463:311–317. doi: 10.1038/nature08696. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

71. Swain MT, Tsai IJ, Assefa SA, Newbold C, Berriman M, Otto TD. Набор инструментов для улучшения генома после сборки (PAGIT) для получения аннотированных геномов из контигов. Нат Проток. 2012;7:1260–1284. doi: 10.1038/nprot.2012.068. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

72. Хант М., Кикучи Т., Сандерс М., Ньюболд С., Берриман М., Отто Т.Д. REAPR: универсальный инструмент для оценки сборки генома. Геном биол. 2013;14:R47. doi: 10.1186/gb-2013-14-5-r47. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

73. Симао Ф.А., Уотерхаус Р.М., Иоаннидис П., Кривенцева Е.В., Здобнов Е.М. BUSCO: оценка сборки генома и полноты аннотации с помощью однокопийных ортологов. Биоинформатика. 2015;31:3210–3212. doi: 10.1093/биоинформатика/btv351. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

74. Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C, et al. Универсальное и открытое программное обеспечение для сравнения больших геномов. Геном биол. 2004;5:R12. doi: 10.1186/gb-2004-5-2-r12. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

75. Ng MP, Vergara IA, Frech C, Chen Q, Zeng X, Pei J, et al. OrthoClusterDB: онлайн-платформа для синтенных блоков. Биоинформатика BMC. 2009;10:192. дои: 10.1186/1471-2105-10-192. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

76. Житницкий М., Ахунов Э., Кеневиль Х. Тедна: сборщик мобильных элементов de novo. Биоинформатика. 2014;30:2656–2658. doi: 10.1093/биоинформатика/btu365. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

77. Смит AFA, Хабли Р. RepeatModeler Open-1.0. 2008-2015 гг. 2015. http://www.repeatmasker.org. По состоянию на 31 марта 2018 г.

78. Юрка Дж., Капитонов В.В., Павличек А., Клоновский П., Кохани О., Валихевич Дж. Обновление Repbase, база данных эукариотических повторяющихся элементов. Цитогенет Геном Res. 2005; 110:462–467. doi: 10.1186/s13100-015-0041-9. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

79. Fu L, Niu B, Zhu Z, Wu S, Li W. CD-HIT: ускорено для кластеризации данных секвенирования нового поколения. Биоинформатика. 2012;28:3150–3152. doi: 10.1093/биоинформатика/bts565. [Статья PMC free] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

80. Саламов А., Соловьев В. Поиск гена Ab initio в геномной ДНК дрозофилы. Геном Res. 2000; 10: 516–522. doi: 10.1101/gr.10.4.516. [ЧВК бесплатная статья] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

81. Соловьев Виктор, Косарев Петр, Селедсов Игорь, Воробьев Денис. Геномная биология. 2006;7(Приложение 1):S10. doi: 10.1186/gb-2006-7-s1-s10. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

82. Станке М., Моргенштерн Б. АВГУСТ: веб-сервер для предсказания генов у эукариот, допускающий пользовательские ограничения. Нуклеиновые Кислоты Res. 2005;33:W465–W467. doi: 10.1093/nar/gki458. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

83. Hoff KJ, Lange S, Lomsadze A, Borodovsky M, Stanke M. BRAKER1: неконтролируемая аннотация генома на основе RNA-Seq с помощью GeneMark-ET и AUGUSTUS . Биоинформатика. 2016; 32: 767–769. doi: 10.1093/биоинформатика/btv661. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

84. Парра Г., Брэднам К., Корф И. CEGMA: конвейер для точного аннотирования основных генов в геномах эукариот. Биоинформатика. 2007; 23:1061–1067. doi: 10.1093/биоинформатика/btm071. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

85. Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD. Боуден и др. Реконструкция последовательности транскрипта de novo из RNA-Seq: генерация эталона и анализ с помощью trinity. Нат Проток. 2013; 8: 1494–1512. doi: 10.1038/nprot.2013.084. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

86. Pollier J, Rombauts S, Goossens A. Анализ данных RNA-Seq с помощью TopHat и запонок для полногеномного анализа экспрессии обработанных жасмонатом растений и растительных культур. Методы Мол Биол. 2013;1011:305–315. doi: 10.1007/978-1-62703-414-2_24. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

87. Haas BJ, Salzberg SL, Zhu W, Pertea M, Allen JE, Orvis J, et al. Автоматизированная аннотация структуры эукариотических генов с использованием EVidenceModeler и программы для сборки сплайсированных выравниваний. Геном биол. 2008;9: Р7. doi: 10.1186/gb-2008-9-1-r7. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

88. Slater GS, Birney E. Автоматическое создание эвристики для сравнения биологических последовательностей. Биоинформатика BMC. 2005; 6:31. doi: 10.1186/1471-2105-6-31. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

89. Lowe TM, Eddy SR. tRNAscan-SE: программа для улучшенного обнаружения генов транспортной РНК в геномной последовательности. Нуклеиновые Кислоты Res. 1997; 25: 955–964. doi: 10.1093/нар/25.5.955. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

90. Бейссбарт Т, Спид ТП. GOstat: найти статистически чрезмерно представленные онтологии генов в группе генов. Биоинформатика. 2004; 20:1464–1465. doi: 10.1093/биоинформатика/bth088. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

91. Kim D, Pertea G, Trapnell C, Pimentel H, Kelley R, Salzberg SL. TopHat2: точное выравнивание транскриптомов при наличии вставок, делеций и слияний генов. Геном биол. 2013;14:R36. doi: 10.1186/gb-2013-14-4-r36. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

92. Лав М.И., Хубер В., Андерс С. Модерированная оценка изменения кратности и дисперсии для данных секвенирования РНК с помощью DESeq2. Геном биол. 2014;15:550. doi: 10.1186/s13059-014-0550-8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

93. Ивата Х., Готох О. Сравнительный анализ программ выравнивания сплайсинга, включая Spaln2, расширенную версию Spaln, которая включает в себя дополнительные функции для конкретных видов. Нуклеиновые Кислоты Res. 2012;40:e161. doi: 10.1093/nar/gks708. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

94. Лехнер М., Финдейс С., Штайнер Л., Марц М., Штадлер П.Ф., Прохаска С.Дж. Proteinortho: обнаружение (ко) ортологов в крупномасштабном анализе. Биоинформатика BMC. 2011;12:124. дои: 10.1186/1471-2105-12-124. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

95. Muller J, Creevey CJ, Thompson JD, Arendt D, Bork P. AQUA: автоматическое улучшение качества для множественного выравнивания последовательностей. Биоинформатика. 2009; 26: 263–265. doi: 10.1093/биоинформатика/btp651. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

96. Lanfear R, Frandsen PB, Wright AM, Senfeld T, Calcott B. PartitionFinder 2: новые методы выбора разделенных моделей эволюции для молекулярного и морфологического филогенетического анализа. Мол Биол Эвол. 2017; 34: 772–773. doi: 10.1093/molbev/msw260. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

97. Ronquist F, Teslenko M, Van Der Mark P, Ayres DL, Darling A, Höhna S, et al. MrBayes 3.2: эффективный байесовский филогенетический вывод и выбор модели в большом модельном пространстве. Сист биол. 2012;61:539–542. doi: 10.1093/sysbio/sys029. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

98. Стаматакис А. RAxML версии 8: инструмент для филогенетического анализа и пост-анализа больших филогений. Биоинформатика. 2014; 309:1312–1313. doi: 10.1093/биоинформатика/btu033.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *